Jan Jerzy Haffner urodził się w Colmar (Alzacja) 20 września 1775 roku. Studia medyczne odbywał w Strasburgu, gdzie 20 marca 1803 roku uzyskał tytuł lekarza medycyny. Okres nauki przeplatany był praktykami w szpitalach i uczestnictwem w zmaganiach wojskowych na licznych frontach. Brał między innymi udział w bitwie pod Austerlitz, a później pierwszej kampanii polskiej Napoleona 1806-1807. Do Gdańska przybył wraz z żołnierzami armii napoleońskiej w połowie 1807 roku. W lipcu 1808 roku poślubił właścicielkę kamienicy przy ulicy Kotwiczników Karolinę Botther, wdowę z siedmiorgiem dzieci. Kilkukrotnie występował o dymisję z funkcji lekarza wojskowego aby móc poświęcić się rodzinie i mieszkańcom miasta, co uzyskał w 1809 roku. Najpierw w domu małżonki, a później od 1811 roku przy ulicy Żabi Kruk, blisko kościoła pw. Św. Piotra i Pawła, urządził i prowadził kuracyjną łaźnię miejską. W celu wykorzystania leczniczych właściwości wody morskiej, za namową generała Jeana Rappa gubernatora Gdańska, w 1809 roku utworzył w Brzeźnie kąpielisko i dom zdrojowy. Podczas oblężenia miasta w 1813 roku przeniósł się z rodziną do domu na Długich Ogrodach, gdzie leczył broniących miasta towarzyszy broni. Po zakończeniu obrony miasta, wycofaniu się Francuzów i przejęciu miasta przez Prusaków w 1814 roku, pozostał w Gdańsku i nadal pracował rozbudowując leczniczy biznes. W 1822 roku podjął rozmowy z władzami pruskimi starając się o wydzielenie działki w Sopocie i uruchomieniu zakładu kąpielowego w celu prowadzenia działalności uzdrowiskowej. Od 1823 roku sopockie kąpielisko coraz bardziej zyskiwało na popularności i przyczyniło się do rozwinięcia życia towarzyskiego mieszkańców oraz szybszej rozbudowy kurortu. W organizację kąpieliska zaangażowana była cała jego rodzina. Jan Jerzy Haffner zmarł na gruźlicę 20 kwietnia 1830 roku w swoim domu, ciało wystawiono w Kaplicy Królewskiej w Gdańsku, a pochowano w dniu 26 kwietnia na cmentarzu w Starych Szkotach, nieopodal obecnego kościoła pw. Św. Ignacego Loyoli.
Fundacja Napoleona podjęła starania o upamiętnienie miejsca pochówku Jana Jerzego Haffnera, aby w ten sposób ocalić od zapomnienia pamięć o nim jako człowieku zasłużonym dla Gdańska.